南海神庙主体建筑由南向北依次为牌坊、头门、仪门、礼亭、大殿、昭灵宫、廊庑、碑亭等。西南章丘岗上有浴日亭，是古代观望海上日出的胜地，宋元时期为“羊城八景”经典景观“扶胥浴日”。
牌坊
三间四柱冲天式花岗岩牌坊，正面刻有康熙御笔“海不扬波”，寓意海路平安。
头门
清代遗存，面阔三间，硬山顶，门前置红砂岩石狮，两侧为八字墙影壁。
石狮
石狮至今已有三百余年历史。在南海神庙西侧的小门外，有着两座被透明罩子保护起来的石狮子，它们的故事可以追溯到清康熙年间。石狮子由市府合署大楼前迁移至南海神庙安放，静静守望岁月流转。
仪门
面阔三间，硬山顶，两侧与复廊相通，门前石鼓雕刻“封侯爵禄”图案，这对石鼓的鼓身呈标准圆形，正面浮雕着狮首衔环，狮面圆润灵动，自带岭南舞狮的喜庆神韵，区别于北方石狮的威严冷峻。鼓身下方是雕刻精美的须弥座，基座立面雕刻鸟雀、梅花鹿、蜜蜂、猴子四种动物图案，取“爵、禄、封、侯”的谐音，寓意“封侯爵禄”，吉祥纹样，浅浮雕工艺细腻，线条流畅，将瑞兽花鸟的灵动与石材的厚重自然融合。
礼亭
单檐歇山顶，仿明代风格重建，是祭祀仪式的重要场所。
大殿
大殿正中供奉南海神祝融，连座高约3.8米，祝融像的背后有一块照壁，浩荡的海水上有一条龙腾云驾雾，两边有对联：“顺水千舟朝洪圣；伏波万里显真龙。”左右两旁有六侯塑像。大殿东侧有一面知名的东汉大铜鼓和一口明代的铁钟。铜鼓直径约138厘米，高约71.4厘米，厚0.4至0.6厘米，是一件颇为珍贵的文物，仅次于广西、上海的大铜鼓，在中国现存大铜鼓中位列第三。
祝融在民间是火神，祝融又是怎样兼任海神的呢？古人认为，南方属火，火又是光明的象征，火之本在水，故祝融合水火为一神。
大殿是仿明代木结构琉璃瓦歇山顶建筑，结构采用十二架椽屋前后三椽袱用四柱形式，梁上驼峰刻以云纹，上下梁间用斗拱承托，皆以入榫而不用一根钉。每条大柱平稳立于柱础，尽显中式古建营造技艺。屋顶用绿色的琉璃瓦覆盖，中间有双凤飞翔、鳌鱼倒悬等纹饰的琉璃瓦脊；上部有两条躯体弯曲作腾飞疾走状的苍龙造型，它正在争抢宝珠。
昭灵宫
也称后殿。原为宋代建筑，现存为民国时期改建的钢筋混凝土结构，供奉南海神夫人“明顺夫人”。宋皇祐五年（1053），诏封洪圣王夫人为明顺夫人，并配殿祀奉。
番鬼望波罗
身着唐装、左手举额眺望远方的外国神像？他正是“番鬼望波罗”传说的主角，一段跨越国界的趣闻就从这里开始。相传唐朝时，一位名叫“达奚”的外籍人士从波罗国乘船来华，因故误了返程的海船，终老于广州，每日望江悲泣，最后立化为神。当地人将其厚葬，并按他生前左手举额望海的样子，塑像祀于南海神庙中，并给他穿上中国的衣冠，封为“达奚司空”。因其来自波罗国，携来波罗树种植于庙内，所以村民俗称此塑像为“番鬼望波罗”，南海神庙也因此被称为“波罗庙”。
南海神庙地处珠江出海口，唐宋时期为广州重要外港扶胥港的核心设施。中外商船出海前均需祭拜南海神，祈求航行平安。庙内碑刻记载了唐代“广州通海夷道”的盛况，这条航线长达1.4万公里，途经30余个国家和地区，是当时世界上规模宏大的远洋航线。
庙内现存唐、宋、元、明、清历代碑刻47块，唐碑1块、宋碑3块、元碑3块、明碑17块、清碑4块、复制碑10块、现代诗碑9块。
唐代韩愈《南海神广利王庙碑》：现存较早记载“海事”一词的文献。
宋代《大宋新修广利王庙之碑》：见证市舶司设立及海外贸易管理。
清代康熙御笔“万里波澄”碑：反映海禁解除后贸易繁荣。
这些碑刻是研究中国古代航海史、中外贸易史的珍贵资料。
南海神庙的头门，有一对长长的对联：
“白浪起时，浪花拍天，山骨折，呼吸雷风
黑云去后，云芽拂渚，海怀开，吐吞星月。”
这副对联，背后有一段佳话。说是清朝年间，某年波罗诞日，年仅14岁的林子觉随父游览至此，见头门没有对联，以炭为笔，即兴挥毫：“白浪起时，浪花拍天，山骨折，呼吸雷风。”还没写出下联呢，就被父亲催着回家了。
当时海光寺的住持也一直觉得头门没有对联，有些遗憾，于是让弟子筹备，突然发现有人写了上联，下联却空着，便想着等有才之人来将下联对上。但12年过去，下联依旧空缺，直到林子觉26岁再访南海神庙，见自己昔日之作仍悬门侧，于是向住持请笔墨，续写下联：“黑云去后，云芽拂渚，海怀开，吐吞星月。”
每年农历二月十一至十三举行波罗诞庙会，是广州乃至珠三角地区历史悠久的民间庙会，2011年被列入国家级非物质文化遗产名录。庙会核心仪式“五子朝王”源于明代，十五乡乡民抬五尊神像至南海神庙祝寿，场面盛大。
木棉：南海神庙中庭的古树名木都是木棉树。每年波罗诞期满树红花，尤似朝霞，非常壮观。木棉花是广州的市花，也是南海神庙的庙花，红棉树已成为南海神庙的圣树。
清代码头遗址
清码头道路南北长约20米，分为埠头和道路两部分，埠头位于码头的最南端，埠头步级保存完整，有9级踏跺。五板石路面宽约1.9米，向北达至牌坊，通往庙内，引路的两边留有圆形的“火烧坑”，共计49个，是昔日信众三更烧烤生猪，五更敬神习俗的遗迹。
开放时间
周二至周日9：00-17：00
16：30停止进场
周一闭馆，法定节假日及波罗诞除外
交通
公交可搭乘B1、B1快、B30、B26、B28、B29、B31公交车至南海神庙BRT站下车，沿电厂西路步行约300米到达南海神庙（西门）。
地铁
乘地铁13号线至南海神庙站C2出口，沿电厂西路步行约300米到达南海神庙（西门）。
乘地铁5号线至庙头站B1出口，沿黄埔东路、电厂西路步行约1.5公里到达南海神庙（西门）。
周边游玩
南海神庙东侧毗邻广州海事博物馆，玉岩书院等。
