花市清真寺始建于明代初期。相传为明代开国元勋常遇春所建，明、清两代，曾经多次修缮。寺内主要建筑原有礼拜大殿、碑亭、敬古堂、 沐浴室、寻月台和经房、住房等，寻月台已拆除。礼拜大殿是该寺最大的建筑，坐西朝东，前有敞厅3间，殿面阔3间，进深4间，总面积500余平方米。第四层殿顶开六角亭式天窗，墙壁上原有古兰经文。
礼拜殿正前面有一座方形碑亭，原置雍正御赐碑，现碑已迁出竖立墙边。寺内现保存的文物有康熙二年(1663)裕亲王书“清真”木匾和乾隆五十二年(1787)“真一无二”牌匾各一方,悬大殿廊下。另外还有雍正皇帝御赐碑和乾隆三十五年(1780) 《重修礼拜寺碑记》石刻等。84年1月列为区级文物保护单位。
花市清真寺现存的为清式建筑，建筑面积1303.1平方米，全寺占地面积约为2000平方米，各类房屋81间，主建筑礼拜大殿位于寺院西面，大殿前廊宽阔，檐角微翘，再配以清石台阶，使大殿显得庄严肃穆。
前廊的南北墙上刻有阿拉伯经文，组成巨大的圆形图案。
大殿宽约5间，进深约10间，南北各有一排耳房。进入大殿内，有八角亭用于采光，光照充足明亮。在它的下面是宣讲台，一年一度的开斋节都要由有名望的阿訇登台朗诵经文，大殿两旁各有5个小型拱门，可供单人礼拜。
大殿内雕梁画栋，彩漆鲜艳，显得富丽堂皇。大殿前有重檐方形御碑亭，院南、北、东三面有讲堂，男、女沐浴室，教长室，库房等。
后殿中原有望月楼，因年久失修作废。民国初年，马兆彬老人在殿西南角增建一座寻月台，并由当时的教育部次长马邻翼书题“寻月”二字篆刻在台上，在每年斋月时，望月之用。
横梁散异香驱逐鸟雀 花市清真里的柁木“孔雀木”是很出名的。它们实际是礼拜殿内两个方形横梁，直径达60公分。当初建寺时为避皇家征用，在木柁上伪装铁箍数道，现铁箍尚在，并无飞禽栖息，大殿对面有上谕碑亭一间，现已将石碑移出，改为接待来宾之所。
