智化寺始建于明代正统八年（1443年），原为司礼监太监王振的家庙。明英宗时期，王振作为皇帝幸臣独揽朝廷大权，虽为太监，但却家资颇巨，所以他所建造的家庙穷极土木，富丽宏伟。因是皇帝宠臣，加之王振冠以感念皇恩的名义营建庙宇，故英宗赐名为“报恩智化禅寺”。
山门上有汉白玉横匾“敕赐智化寺”，敕赐意为皇御赐的寺名，所谓“智化”就是以佛的智慧普度众生，虽然智化寺上门的规制是中国古代寺刹中最最普通的样式，但“敕赐”二字足以昭示它身份的贵重，昭示着在这普通山门内必定沉淀着一份独特的宝藏。
智化寺在明代因被英宗赐名“报恩智化寺”而繁盛，在清代因打击宦官乱政而被破坏。他的历史，大起大落，时至今日已经渡过了559个春秋。智化寺坐北朝南，其中轴线上依次分布有山门、智化门（即天王殿）、智化殿、如来殿（又称万佛阁）、大悲殿等主题建筑，智化门前是东西对称的钟楼、鼓楼；智化殿前是艺术殿堂 。
智化寺的主要建筑有山门、智化门、智化殿、如来殿、大悲堂等，其中如来殿最为精美，是两层楼阁，供奉如来佛像。寺内还保存着许多精美的文物，其中以“智化寺京音乐”最为著名，是中国古代音乐的活化石。
万佛阁是智化寺的最高处，从远处的山门、钟鼓楼，到近处智化殿、万佛阁，所有殿堂的屋顶全部辅装黑色的琉璃瓦，象征着神圣和庄严、权势和高贵，皇家寺院、敕建寺院主要使用黑琉璃瓦，只有官窑才可以烧造。黑色琉璃瓦屋顶，正好与“智化”寺名相对应，前者以风降恶魔，后者以智度化众生。
展馆内收藏了1500余件藏品，其中一幅大型壁画，长4.8米，高3.1米，画的是地藏菩萨说法相，是明代壁画的精品。藏殿内尚存“转轮藏”一具，是北京现存较古老的转轮藏。这里陈列了明代北京寺院展、明朝十六帝展、智化寺馆藏精品佛经展、智化寺馆藏精品佛像展、智化寺历史沿革展等展览。
1994年，北京市文博交流馆成立，设在该寺
